使用熒光定量PCR儀進行定量PCR實驗時，通常出現(xiàn)效果不佳的情況，下面小編就帶你了解一些的PCR實驗的優(yōu)化方法：
一、基本參數(shù)的優(yōu)化
1.1 MgCl2的濃度 在PCR反應(yīng)中，MgCl2的濃度對影響酶的活性是至關(guān)重要的，不僅如此，合適的MgCl2的濃度還能在反應(yīng)中得到較低的Cp(crossing point)值，較高的熒光信號強度以及良好的曲線峰值。所以對其的深度選擇應(yīng)慎重
一般來說，對以DNA或cDNA為模板的PCR反應(yīng)，應(yīng)選擇2－5 mM濃度的MgCl2，對以mRNA為模板的RT－PCR而言，則應(yīng)選擇的濃度為4－8 mM。
1.2 模板的濃度：如果研究者是進行實驗，那么應(yīng)選擇一系列稀釋濃度的模板來進行實驗，以選擇出最為合適的模板濃度，如果條件困難，也至少要選擇兩個稀釋度（高和中、低濃度）來進行實驗。
一般而言，使Cp位于15－30個循環(huán)比較合適，若大于30則應(yīng)使用較高的模板濃度，如果Cp小于15則應(yīng)選擇較低的模板深度。對于Cp值的確定，經(jīng)驗上是SYBR Green I探針的熒光信號比本底高2倍，雜交探針的熒光強度比本底高0.3倍。
二、使用SYBR Green I測定DNA時的條件優(yōu)化
2.1 MgCl2的濃度：大多數(shù)引物－模板對其的要求是2－4 mM。
2.2 模板的濃度：初次實驗要求做一系列的稀釋濃度，如條件限制，至少完成兩個稀釋的度的測定?；蚪MDNA在50 ng-5 pg之間選擇，質(zhì)粒DNA在106拷貝數(shù)左右選擇。
2.3 PCR抑制子：通常用于消除抑制子的辦法是將樣本進行稀釋，但是在某些條件下，抑制子的濃度高，而模板量少，稀釋法就不再能達到好的效果，反會使反應(yīng)的敏感度降低，所以，研究者若要進行實時定量PCR研究，最好選用純化的模板。
2.4 引物的濃度：引物的濃度是一個影響PCR反應(yīng)的關(guān)鍵因素，其濃度太低，會致使反應(yīng)不完，若引物太多，則發(fā)生錯配以及產(chǎn)生非特異的產(chǎn)物的可能性會大大增加。對于大多數(shù)PCR反應(yīng)，0.5 uM是個合適的濃度，若初次選用這個濃度不理想，可在0.3－1.0 uM之間進行選擇，直至達到滿意的結(jié)果。
2.6 退火溫度：實驗設(shè)置的退火溫度應(yīng)比計算得出的Tm值小5 ℃，然后在1－2 ℃內(nèi)進行選擇。一般地，退火溫度要根據(jù)經(jīng)驗來確定，這個經(jīng)驗值往往會同計算得到的Tm值有較大的差距。
三、用SYBR Green I進行一步法RT－PCR的條件優(yōu)化
3.1 MgCl2的濃度：不同的靶分子選用不同的濃度，通常是在4－8 mM之間選擇。
3.2 模板的濃度：RT－PCR實驗既可以選用總RNA，又可以選用mRNA，其濃度應(yīng)在1 pg-1 ug之間選擇。對于低模板濃度，可以增加適量的MS2或用alternative RNA 作為載體進行測定。
3.3 對照設(shè)置：每一引物都應(yīng)設(shè)有陰性對照，陽性對照和污染對照。
四、雜交探針測定DNA
4.1 MgCl2的濃度：在2－4 mM的基礎(chǔ)上加0.5－1.0 mM，但是不要超過2.0 mM。
4.2 雜交探針的濃度：初次實驗每個探針用0.2 uM，如果信號強度達不到要求，可以增加至0.4 uM。
4.3 對照設(shè)置：每一引物都要設(shè)陰性對照，每一探針都要設(shè)陰性對照。每次實驗都要設(shè)陽性對照。
4.4 其它的條件同SYBR Green I。
五、用雜交探針實時定量RT－PCR
5.1 MgCl2的濃度：在4－8 mM之間進行選擇。
5.2 雜交探針的濃度：初實驗用0.2 uM，如果熒光信號強度不足，可以增加至0.4 uM。
5.3 模板濃度設(shè)置：優(yōu)化的擴增須進行一系列知釋度的實驗，在條件有困難的條件下，至少要進行兩個稀釋度的測定。選用1 pg-1 ug的總RNA或是mRNA，若是模板的濃度過?。ㄐ∮?0 ng/ul）,則可加入MS2或alternative RNA作為載體。
5.4 對照設(shè)置：每個引物都要設(shè)無模板對照，陽性對照以及污染對照。
六、關(guān)于雜交探針的評價
在使用雜交探針進行實驗時，必須注意防止探針－引物二聚體的形成和其本身在反應(yīng)過程中的延伸。引物－探針二聚體的形成，主要是因為探針可與引物的3’末端雜交，其形成以后，會致使此二聚體擴增，從而同目的基因競爭反應(yīng)的原料，致反應(yīng)的效率下降。
探針其本身能同目的基因相結(jié)合，且其解鏈溫度高于引物，所以它可能作為引物而引發(fā)延伸反應(yīng)，為了防止發(fā)生這種現(xiàn)象，通常是將其3’末端全磷酸化，使之不能延伸，若此磷酸化不全或是沒有磷酸化，就會產(chǎn)生目的基因的副產(chǎn)品，從而干擾實驗結(jié)果。鑒于以上這兩點，所以應(yīng)對探針精心設(shè)計，并將其末端全磷酸化。
