實驗室數(shù)學(xué)在生物學(xué)實驗數(shù)據(jù)分析中一直是一個令人頭疼的問題?在定量PCR實驗中,常常會遇到計算 DNA 片段中的分子、計算溶液的濃度或計算連續(xù)稀釋等,這樣的計算有沒有什么好的方法呢?
當(dāng)然有了,在本文中,我們將教你簡單的 DNA 樣本中的分子計數(shù)法。
——例如,套入公式即可一招輕松拆解:500 ng 樣本中有多少個 50 堿基對 (bp) 片段的模板 /副本?這樣的棘手問題。使您很快就會成為實驗室中的計算高手!
一、計算 DNA片段中分子數(shù)量的應(yīng)用
在進(jìn)行以下類型的實驗時,通常需要DNA分子的計算:
DNA 連接。
生化分析。
實時 PCR(絕對定量)。
測量載體基因組的數(shù)量。
二、分子數(shù)計算公式的原理
我們知道,單個 DNA bp 的平均重量為 650 道爾頓。這也可以寫為 650 g/mol(= 摩爾質(zhì)量)。因此,任何雙鏈 DNA 片段的分子量或摩爾質(zhì)量都可以通過將其長度(以 bp 為單位)乘以 650來計算,答案將表示為道爾頓或 g/mol。
只要我們知道序列長度(即基因組的長度/大小),此計算將適用于任何物種的基因組 DNA。
三、實例與應(yīng)用:
1.實例問題: 5.2-kb 質(zhì)粒的分子量是多少?記住 5.2 kb = 5200 bp
計算: 5200 bp x 650 道爾頓 = 3,380,000 道爾頓或 g/mol
現(xiàn)在我們知道如何計算 DNA 模板的分子量了。使用阿伏伽德羅數(shù),即 6.022 x 10 23分子/摩爾,可以使用以下公式計算每份模板的分子數(shù):
2.實例問題:您有 300 ng 的 5.2-kb 質(zhì)粒。你的質(zhì)粒有多少 拷貝?
3.實例問題:您有 50 ng 的 20-bp 引物。你的引物有多少份?
4.實例問題:您有 150 ng 的 670 bp 純化 PCR 產(chǎn)物,你有多少份 PCR 產(chǎn)物?
注意:此公式基于您使用的是單一 DNA 物種的假設(shè),因此在應(yīng)用于 PCR 產(chǎn)物或質(zhì)粒時,請確保您只有 1 個條帶或您有干凈的質(zhì)粒小量制備。
所以實驗中,只要知道 DNA 片段的長度和以納克為單位的濃度,您就可以輕松應(yīng)用該公式來獲得任何類型的 DNA 樣本中的拷貝數(shù)。
四、其他分子量計算常用的公式
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